A falta de limpeza da fossa e a ausência de uma manutenção em determinados períodos de tempo pode contaminar drasticamente o meio ambiente e também as pessoas que convivem na residência. Este é um tipo de tratamento básico para resíduos sanitários, sejam eles originados da cozinha, banheiro ou também da lavanderia. A sucção da fossa deve ser realizada não apenas quando ela enche e deve-se evitar o transbordamento da mesma. Este tipo de limpeza é fundamental para evitar qualquer forma de doenças como cólera, hepatite, diarreia, febre tifoide e até mesmo leptospirose. Estas doenças surgem quando não há limpeza e um tratamento adequado do esgoto e da fossa para eliminar qualquer agente patogênico. Quando a água ou o esgoto contaminados entram em contato com qualquer pessoa através de entupimentos, enchentes ou mesmo ingestão acidental muitas vezes por ser exclusivamente uma fonte disponível no local, há um sério risco de contrair doenças.